완도군의회 2019년 행정사무감사 결과보고서는 유기질비료 지원사업과 관련해 리베이트 및 금품·향흥 제공 등의 비리 발생과 그 확대를 경계하고 개선이 필요하다고 지적하고 나섰다. 

행정사무감사에서 이 문제를 지적하고 나선 김양훈 의원에 따르면 사업신청 시 농업인이 희망하는 비료 공급희망 업체가 있는 경우에 한하여 직접 기재할 수 있으며, 기재하지 않거나 변경이 필요한 경우 군 유기질비료공급관리협의회에서 선정하게 되어 있으나, 읍·면에서는 시스템에서 전년도 신청서를 가져와 출력하고 이를 수정·보완하는 방식으로 신청서 작성이 가능하여 농가에서는 신청내용을 면밀하게 확인하지 않고 마을이장을 통해 접수하는 경우가 많고 마을도장 사용과 대필, 서명·날인 등을 통해 이장의 임의 공급업체 선정 등 문제가 발생하게 된다.  

더구나 농가에서는 공급업체, 비료종류 및 품질보다는 다량의 물량 확보에 관심이 있어 전라남도 10a당 평균공급량을 지키지 않고 과다하게 사업을 신청하고 있는 실정이다. 농가 신청서를 마을 이장을 통해 읍·면에 제출하다보니 공급업체에서는 이장단을 통한 로비활동(알선수수료, 마을행사 지원 및 찬조, 개별 접대 및 선물)으로 리베이트 및 금품·향응 제공 등의 비리가 발생하고, 이장들 간의 정보공유를 통해 비리가 확대될 수 있다는 지적이다. 그렇게 되면 비료 업체의 로비활동에 따른 비용이 농가에는 품질이 낮은 비료 공급으로 이어지는 악순환 구조가 만들어 지게 된다는 것이다. 

또한 공급희망 업체가 없는 농업인의 비료에 대해 마을이장이 임의로 결정함에 따라 시·군 유기질비료공급관리협의회에서 농가별 공급업체를 결정할 수 없게 되고, 지역농협에서는 업체의 공급계약 체결시 공급방법을 공급업체가 직접 농가에 공급하는 방식으로 발주토록 하고 있으나, 농가에 도착하지 않고 마을회관 등 일정 장소에 적재 후 수령하도록 하여 노약자, 부녀자 등 운반여건 불리자에 대한 민원이 발생하고 있다는 지적이다.  

이를 개선하기 위해서는 단계별로 개선방안을 군의회에서는 제시하고 나섰다.  의회는 신청 이전 단계에서 행정에서는 읍·면, 지역농협, 마을이장 등이 참여한 가운데 유기질 비료 공급에 대한 절차를 명확히 교육해 문제점이 발생하지 않도록 추진하고, 전년도 공급된 유기질비료 업체에 대한 공급실적을 공개하고 당해연도 공급희망 업체에 대한 비료의 품질검사 결과 및 등급을 제출받아 공개하고 필요시 현장견학 등을 실시해야 된다고 개선방안을 제시했다.

신청 및 선정단계에서는 농가에서 희망공급어체를 기입하지 않을 경우 마을 이장이 임의대로 공급업체를 선정하지 말고 군 유기질비료공급관리협의회에 일임 선정하거나 정히 마을에서 선정할 때에도 마을회의를 통해 회의록을 작성하고 참석자 서명날인 후 선정해야 된다고 개선방안을 제시했다. 읍·면 단위 희망공급 업체 선정 시에도 최소 3~4개 업체의 제품을 대상으로 일정기간 선호도를 조사해 정하되 1개 공급어체가 전체 공급물량의 50%를 넘지 않도록 선정해야 된다고 개선방안을 제시했다. 

전남도내 생산업체 중에서 공급을 희망하는 업체를 대상으로 생산 및 공급능력을 감안해 평가한 후 공개경쟁 입찰을 통해 공급희망 업체를 선정하고 업체 선정시 총 공급물량의 비율 또는 읍·면 별로 배정해야 된다.고 개선방안을 제시했다. 마지막으로 공급단계에서는 운반능력이 부족(노약자, 부녀자 등)한 농가를 위해 지역농협에서는 담당자 책임하에 농가 희망지에 도착토론 계약하고, 필요시 살포 대책까지 강구해야 된다.고 개선방을 제시했다.